Waterfox setzt im Wesentlichen auf eine Firefox-ESR-Version auf (Extended Support Release), also eine für Firmen herausgegebene, eingefrorene Version des Mozilla-Browsers mit längerem Support. Beim getesteten Waterfox war das das aktuelle Firefox 78.5 ESR. Auf den ersten Blick erscheint Waterfox fast wie ein Spiegelbild von Firefox. Ein Umsteiger findet bis zu den about:-Befehlen fast alle Elemente dort, wo er sie erwartet. Wer mag, kann seine Browserdaten sogar per Firefox Sync mit dem Original abgleichen.
An anderer Stelle wurden aber einige Verbindungen zu Mozilla gekappt. So sendet Waterfox keine Telemetrie- und andere Daten an Mozilla. Unter der Haube ist Waterfox komplexer als Firefox: Der Browser kann nicht nur die aktuellen Add-ons nutzen, sondern auch die alten, mit Version 57 von Firefox eingestellten Erweiterungen. Apropos Add-ons: Standardmäßig installiert Waterfox nur die englische Bedienoberfläche, die deutsche muss man sich als Add-on nachinstallieren.
Waterfox enthält keinen Werbeblocker. Aber schon mit den Standardeinstellungen blockt der Browser einen Teil der Tracker im EFF-Test, wenngleich ein eindeutiger Fingerprint bleibt.